GAP Yüksek Kurulu, Teşkilat’ın en yüksek karar organı olup, GAP İdaresi tarafından hazırlanacak her türlü plan, proje ve programları inceleyerek karara bağlar. GAP Yüksek Kurulu, Başbakan veya görevlendireceği bir Devlet Bakanı başkanlığında, Güneydoğu Anadolu Projesi ile görevli Devlet Bakanı, Devlet Planlama Teşkilatı’nın bağlı olduğu Devlet Bakanı ile Bayındırlık ve İskan Bakanı'ndan oluşur.

GAP Yüksek Kurulu’nun çalışma usul ve esasları ile diğer hususlar, 06 Kasım 2005 tarihli ve 25985 sayılı Resmi Gazete’de yayınlanarak yürürlüğe konulan GAP Yüksek Kurulu’nun Çalışma Usul ve Esaslarına Dair Yönetmelikle belirlenmiştir.

Yüksek Kurul, sözkonusu yönetmeliğin 7.maddesi uyarınca, gündemindeki konuları görüşmek üzere her yılın birinci ve ikinci yarısında olmak üzere toplam iki kere toplanır. Başkanın gerekli gördüğü hallerde, GAP Yüksek Kurulu’nu her zaman toplantıya çağırabilir.

388 sayılı K.H.K'nin 4. maddesi ve GAP Yüksek Kurulu Çalışma Usul ve Esaslarına Dair Yönetmeliğin 5. maddesi uyarınca, gerektiğinde kurula konuları ile ilgili olarak diğer Bakanlar da davet edilebilir.

Bu maddelere istinaden GAP Yüksek Kurulu, 2 Aralık 2002 tarih ve 2002/56 sayılı Başbakanlık genelgesi ile yeniden şekillendirilmiş ve kurul üyeleri arasına Tarım ve Köy İşleri Bakanı da dahil edilmiştir.

Bugüne kadar 17 kez yapılan GAP Yüksek Kurulu'nun son toplantısı 14 Ekim 2005 tarihinde Ankara'da gerçekleştirilmiştir.

Son Güncelleme : 29 Eylül 2006